"The Mesoamerican Barrier Reef", een van de laatste nog levende koraalriffen ligt precies voor het hotel. Dit complexe rif systeem strekt zich uit van het noorden van de Yucatan Peninsula tot de Bay Islands in Honduras. Het gebied huist een groot aantal eco systemen zoals mangrove, meren grotten en zeegras. Al deze systemen, inclusief het rif zijn allemaal met elkaar verbonden en afhankelijk van elkaar.

Daarom hebben de meeste gebieden buiten het dorp van mahahual een ecologische bestemming gekregen, waarbij activiteiten een zo minimaal mogelijke invloed op de natuur mogen hebben om zodoende de natuur zo goed mogelijk te beschermen en te voorkomen dat Costa Maya een massa toeristische bestemming zal worden. Na een uitvoerige milieu impact studie is Maya Luna gebouwd met de grootste inachtneming van milieu wetten en restricties om zodoende zo min mogelijk schade aan te richten aan het milieu Voor de water voorziening en de elektriciteit gebruikt Maya Luna natuurlijke hulpbronnen: regenwater wordt op gevangen op het dak van de studios en komt terecht in de ruimte onder het terras. Natuurlijk is er naast het regenwater om te douchen in alle studios ook drinkwater in flessen aanwezig. Elektriciteit wordt voor 90 % gegenereerd met behulp van zonnepanelen, voor 10% door een diesel generator die we als back up gebruiken.
Om energie te sparen gebruiken we energie zuinige lampen en fans in de bungalows.